Στην Πολυτεχνική Σχολή λειτουργούν τα παρακάτω 9 Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (6 μονοτμηματικά, 1 διατμηματικό και 2 διιδρυματικά):
- Υδραυλική Μηχανική και Περιβάλλον (Τμήμα Πολιτικών Μηχανικών)
- Εφαρμοσμένα Μαθηματικά (Τμήμα Πολιτικών Μηχανικών, Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών και Τμήμα Μηχανικών Περιβάλλοντος)
- Διαχείριση Υδρομετεωρολογικών Καταστροφών (Τμήμα Πολιτικών Μηχανικών)
- Technological and Management Advances on Intelligent Transportation Electrification Systems (Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών, Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών Ε.Μ.Π και Ναυπηγών Μηχανολόγων Μηχανικών Ε.Μ.Π.)
- Quantum Computing and Quantum Technologies (Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών, Εθνικό Κέντρο Έρευνας Φυσικών Επιστημών «Δημόκριτος»)
- Προηγμένες Τεχνολογίες Ηλεκτρολόγου Μηχανικού και Μηχανικού Υπολογιστών (Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών)
- Τεχνολογίες Περιβάλλοντος στην Περιβαλλοντική Νομοθεσία (Τμήμα Μηχανικών Περιβάλλοντος)
- Περιβαλλοντική Μηχανική και Επιστήμη (Τμήμα Μηχανικών Περιβάλλοντος)
- Διοίκηση Καινοτομίας, Τεχνολογίας και Επιχειρήσεων (Τμήμα Μηχανικών Παραγωγής και Διοίκησης)
